EL 3 de Abril de 1787, Carlos III aprobó la Real Cédula referente al enterramiento de los difuntos. Hasta esa fecha, los cuerpos eran enterrados en el interior de las iglesias o al pie de ella, por lo que una vez que la población se empezó a expandir y saturó los espacios de las iglesias, comenzaron a surgir epidemias de peste, cólera y tifus. La Real Cédula obligaba, a grandes rasgos, la construcción de recintos alejados de la población, en zonas ventiladas y lejos de cualquier curso de agua, para el enterramiento de las personas fallecidas.

En Vitoria se eligió el terreno en la zona donde actualmente se encuentra el barrio de Zaramaga, ya que era un descampado donde ya se erigía una ermita, la Ermita de Santa Isabel (un gasto menos en la construcción) y además porque ya se habían practicado enterramientos de numerosos soldados muertos en una gran batalla que sucedió en la zona. En este terreno se aprueba la construcción del cementerio de Vitoria en el año 1803. El 6 de noviembre de 1804 empiezan las obras según proyecto del arquitecto Manuel Echanobe. El 18 de marzo de 1808 se consagraron los terrenos, de forma muy precipitada, ya que Vitoria fue azotada por el tifus durante la época en que estuvieron acampadas las tropas de Napoleón en la zona y fue necesario inhumar rápidamente los cuerpos para evitar la propagación de la enfermedad.

Debido a esas prisas en la inauguración, la distribución del cementerio fue un caos, por lo que los ciudadanos de Vitoria no quedaron contestos con su cementerio. Por ello de presentan nuevos proyectos para cambiar su ubicación en terrenos más extensos, proyectos como los de Manuel Ordozgoiti en 1831 o el de Manuel Ángel de Chávarri en 1833 o el de Martín Saracíbar en 1849. Ninguno de ellos fue hacia adelante.

Ante la imperiosa necesidad de espacio, en 1847 se decide ampliarlo por su parte norte. En 1848 comienzan las obras de ampliación. Pronto volvió a quedarse pequeño, luego en 1854 se vuelve a ampliar bajo proyecto de Manuel Ordozgoiti.

Acatando la Real Orden de 1871 se habilita en ese año una zona independiente, el cementerio civil, en una zona de los terrenos de la necrópolis para la inhumación de las personas que no profesaban la religión católica y para los suicidas. Esta zona se encontraba en un semicírculo a la entrada del cementerio, pegada a la carretera de Arriaga.

El 6 de julio de 1875 es necesario realizar una nueva ampliación, debido a la construcción de numerosos panteones que estaban restando terreno a la fosa común. La ampliación siguió el diseño del arquitecto Francisco Paulo de Hueto.

Durante los años 1901 y 1923, se producen de nuevo, sendas ampliaciones.

El 8 de febrero de 1832 se derriba el muro que separaba la zona civil de la zona católica, oponiéndose enérgicamente la Iglesia. Muro que se volvió a levantar, esta vez en el ángulo norte, una vez acabada la Guerra Civil Española. En esta zona civil fueron además enterradas aquellas personas republicanas detenidas por las fuerzas Nacionales, así como los librepensadores, escritores contrarios al Régimen,…

La última ampliación, proyectada por el arquitecto Miguel Mieg, se produce en el año 1956. Se bendicen los terrenos el 8 de noviembre de 1958.

En el año 1979 se derriba definitivamente el muro de separación de la zona civil de la zona católica, trasladándose los restos al osario de este cementerio, a algún panteón perteneciente a las familias o al cementerio de San Salvador. Cementerio que se inauguró en el año 1973 ante la imposibilidad de ampliar el cementerio de Santa Isabel más.

Los muros de este cementerio fueron testigo de fusilamientos durante la Guerra Civil Española. Personas contrarias al régimen y que no compartían sus ideales, tal es el caso del fusilamiento del poeta bilbaíno Lauaxeta. En el muro trasero se encuentra colocada una placa en su honor junto a otra conmemorativa recordando a los fusilados en el año 1936 y 1977.

En la actualidad, el ayuntamiento está expropiando las tumbas a las que ha vencido el alquiler (75 años) y que no poseen valor cultural, para crear espacios verdes.

Tal es la belleza del lugar que el escritor José Antonio Cotrina se inspiró en él para su novela “La niña muerta”, galardonada con varios premios. Además en el año 2015 se organizaron dos recitales nocturnos de música y poesía para rendir homenaje a los músicos de Vitoria que descansan entre estos muros. Tales como Sebastián Iradier, Luis Aramburu, Félix Ascasso, Julio Valdés,…

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